Τμήμα των αποθηκών του ΑΜΝ μεταφέρθηκε εντός του εκθεσιακού χώρου, ώστε να δίνεται στον επισκέπτη η δυνατότητα πρόσβασης σε μεγαλύτερο τμήμα της συλλογής και οπτικής επαφής με ευρήματα που διαφορετικά θα παρέμεναν αθέατα.

Τα ευρήματα δεν εντάσσονται στις θεματικές ενότητες της έκθεσης είτε λόγω έλλειψης χώρου, είτε λόγω απώλειας των ανασκαφικών τους δεδομένων, καθώς στην πλειονότητά τους προέρχονται από παραδόσεις ή λαθρανασκαφές.